Sinds maart 2008 is het ECS systeem volledig in gebruik voor directe en indirecte uitvoer. Gebleken is dat nog lang niet alle expediteurs de benodigde referentiegegevens melden. Zonder deze melding zal geen "Confirmation of Exit" worden ontvangen welke nodig is voor teruggaaf of vrijstelling van BTW. Als gevolg hiervan kan de Sagitta Uitvoer aangifte buiten werking worden gesteld, dan wel zal een alternatief bewijs worden gevraagd hetgeen administratieve werkzaamheden en kosten met zich meebrengt. Om dit te voorkomen moet de aangever de aangifte aanvullen met extra gegevens zodat het manifest kan worden opgesteld.

Met name op de lucht- en zeehavens zijn er grote problemen door het niet aanzuiveren van de uitvoeraangifte. De douane heeft inmiddels een schrijven rondgestuurd dat de “90 dagen”  termijn streng bewaakt zal worden. Voor u als aangever geldt er (elektronisch) maar één bewijs, en dat is de Confirmation of Exit die u vanuit het ECS systeem terug zou moeten ontvangen. Alleen in geval van een storing in het ECS systeem zal de douane een alternatief bewijs van uitvoer accepteren.